اندیشکده‌ها مانند هر سازمان و نهادی باید ساختار اداری محکم و متناسب و استانداردی داشته باشند که آن‌ها را برای رسیدن به رسالت و اهدافشان کمک کند. ابعاد مهم در این ساختار عبارتند از: شیوه مدیریت، متغیرهای ساختاری، منابع مالی، چگونگی هدایت سازمان به‌وسیله قواعد بنیان‌گذارانه، کمیته یا هیأت امنا، شیوه سازمان‌دهی گروه‌های فعال در اندیشکده، میزان، نحوه و کیفیت آموزش کارکنان، شبکه ارتباطی قوی و پویا و غیره است. ساختار تشکیلاتی اندیشکده ها